Los frailes Carmelitas fundaron su convento y templo anexo precisamente en el barrio que hoy se conoce en la ciudad de Oaxaca como del Carmen Alto. Bien entrado iba ya el siglo XVII cuando la comunidad oaxaqueña de Carmelitas Descalzos obtuvo del obispado de Antequera la ermita de la Santa Cruz, más los terrenos colindantes para que ahí se establecieran y en las primeras décadas del sigo Xvlll, ya terminadas las obras del convento, continuaron los Padres agrandando el templo, el cual terminaron no antes del año de 1750.

     El convento no se percibe desde la calle porque siguieron en su construcción la forma del terreno que en esta parte sufre una natural y pronunciada inclinación hacia el lado oriente. Esta circunstancia respondía muy bien a la regla Provincial, pues alejados del apostolado directo y más cerca de la vida de clausura y observancia regular, no tenían los conventuales mayor interacción con los habitantes del barrio.

     Quizá por esta misma razón el convento fue -y así llegó a nosotros- de una severa austeridad sin decoración ni adornos. El templo, cuya planta de cruz latina revela su origen barroco, tuvo en el interior un desbordado adorno de sus muros y sus retablos y aunque la decoración actual es relativamente reciente y de una libre interpretación de elementos típicos del estilo barroco, no carece de interés.

     Pero este templo sobresale entre todos los templos oaxaqueños (excepción hecha del de los 7 Príncipes), por el pórtico o Nártex que forma el primer cuerpo de la fachada y que es en realidad un vestíbulo que prepara el ingreso al templo.

     El segundo cuerpo de la fachada muestra el cuadro dedicatorio en el que la Virgen del Carmen, coronada, cobija bajo un amplio dosel -que sostienen dos querubines-, a un número de feligreses. Al lado de este cuadro pueden verse dos grandes medallones con relieves simbólicos de la Orden Carmelitana.

     Tiene también el templo una puerta lateral que se abre al atrio y en ella destaca en primer lugar la magnífica y de buena fábrica escultura de San José con el Niño Jesús, cómodamente alojados dentro de un nicho y en segundo lugar, una gran cruz que remata la portada, también un símbolo que recuerda que ahí estuvo primero la ermita de la Santa Cruz.

     Tras la exclaustración ordenada por las Leyes de Reforma, el convento sirvió de todo. En el año de 1871 era cuartel y ahí estaba el depósito de pólvora que se prendió provocando la explosión que derrumbó la cúpula y otras partes del templo que estaban cerca del polvorín.

     Los frailes Carmelitas, a pesar de la estricta clausura que observaban, parecen haber tenido buena aceptación entre los habitantes del barrio y aun se conserva en la memoria que fueron ellos, los conventuales, quienes recuperaron los cadáveres degollados y mutilados de Armenta y López ejecutados por los realistas en la guerra de Independencia. No por insurgentes sino por piedad, pues también dieron cristiana sepultura a los que después mandó ejecutar el Generalísimo Morelos cuando tomó la ciudad, en 1812.